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南京健康技工學校開設護理、中藥、康復保健、幼兒教育、航空服務、城市軌道交通運輸與管理、計算機游戲制作（電子競技方向）等7個特色專業，形成了以幼教為特色，以醫藥為主體，交通服務、電子競技等多專業協調發展的專業建設格局，培養了一大批高素質、高技能的專業技術人才。
學校堅持開放辦學的基本方針，實施校際協同育人和校企合作辦學機制。與多所普通高等學校，建立了中高職分段培養合作模式；并且與韓國順天鄉大學建立了合作關系，在教師互派、學生交流、課程共建、留學項目等方面開展交流與合作。此外，學校與上海長海醫院、南京同仁醫院、南京空軍小白鴿幼兒園、南京東方劍橋幼教集團、南京金寶寶幼教集團、南京藥業股份有限公司、南京同仁堂藥業有限公司等近百家企事業單位建立了合作關系，在人才培養、生產服務、學生創業就業等方面開展合作，實現校企聯合育人。
南京健康技工學校堅持依法辦學、誠信辦學、規范辦學、開放辦學，弘揚以人為本、精益求精的職教文化，秉承“尚德精技，懷遠致公”的校訓，實施“質量立校，人才強校，特色興校，專家治校”發展戰略，強化應用型人才培養，辦學水平和人才培養質量得到社會普遍認可。學校先后獲得南京綜合管理先進單位、南京市高技能大賽優秀承辦基地、全國醫護英語水平考試優秀考點、南京市大中學生社會實踐先進單位等榮譽稱號。
