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南京市莫愁中等專業學校開設五年制高職（大專）和三年制中專兩大辦學層次，有藥物制劑技術、藥品質量檢測技術、醫用電子儀器與維護、計算機應用技術、動漫設計與制作、古籍修復、機電技術應用、電子與信息技術、電子商務、酒店服務與管理、電腦美術設計、連鎖經營與管理等專業，其中“藥劑”、“醫用電子儀器與維護”、“電腦美術設計”專業是江蘇省示范專業。
南京市莫愁中等專業學校校園環境優美，設施一流。教室都配備多媒體教學設備，建有數十個專用實驗室、實習操作室、微機房；建有校園閉路電視系統和計算機網絡系統，學校高度重視實驗、實訓和實習基地建設，擁有各類實驗實訓基地12個，其中“藥劑”、“古籍修復”為省級職業教育實訓基地，為學生提供了良好的實訓條件。
南京市莫愁中等專業學校有教職員工近200人，超過94%的教師擁有本科學歷，具有研究生學歷的占28%，中級及以上職稱教師達80%以上。有南京市“十佳雙師型”教師1名，市級學科帶頭人8名，市優秀青年教師8名，區級學科帶頭人8名，區優秀青年教師14名，其中雙師型教師占67%。
