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啟東市第二中等專業學校開設了建筑工程施工、工程造價、會計、會計電算化、機電技術應用、計算機應用、計算機網絡、市場營銷、旅游服務與管理、服裝設計、美術、數控技術應用、機械加工技術、電子與信息技術、汽車制造與維修等15個專業。擁有3個江蘇省品牌專業（會計、計算機應用、機械加工技術）、2個江蘇省示范專業（會計、計算機應用），1個南通市公共實訓基地（機械實訓中心）。
啟東市第二中等專業學校服務地方經濟，堅持市場調研對接專業設置，以“雙師”型隊伍建設提高教學質量，以課程改革打造專業品牌，以技能訓練培養學生能力。2005年以來，在各級各類技能大賽中，學生先后獲得獎牌535枚。特別是2016年，學校“金牌數、獎牌數、總分數”全面超2015年，總成績再創學校歷史新高。
啟東市第二中等專業學校對口高考錄取率和本科錄取人數連續十多年南通領先，先后有6500多名學生被省內高校錄取。2013年，567人參考，本科上線224人，本科上線率39.51%。其中，計算機專業有一個班40人全部錄取本科，被譽為啟東教育史上最牛的班級。2014年，431名參考，本科上線238名，本科率55.22%。 2015年，388人參考，本科上線205 人，本科率52.84%。我校被評為“啟東市對口單招特色學?！?。
